กองทุนสวัสดิการด้านสุขภาพหลักของไทย จะมี 3 กองทุนหลัก ได้แก่ กองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ กองทุนประกันสังคม และสวัสดิการรักษาพยาบาลของข้าราชการ
ในปัจจุบันหลายประเทศใช้ ระบบผสม (Mixed Model) คือ มีรูปแบบการจัดสวัสดิการรักษาพยาบาลหลายๆ รูปแบบผสมกันสำหรับคนแต่ละกลุ่ม ทั้งการมีระบบประกันความมั่นคงด้านสุขภาพแห่งชาติ (แบบอังกฤษดั้งเดิม) มีระบบประกันสังคม (แบบเยอรมนีดั้งเดิม) มีหลักประกันสุขภาพแห่งชาติที่ไม่ต้องร่วมจ่าย รวมถึงการให้จ่ายเองในบางกรณีภายในแต่ละประเทศ กองทุนสวัสดิการด้านสุขภาพหลักของไทยอย่าง กองทุนประกันสังคมและกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติได้ใช้ระบบจ่ายคือ ระบบเหมาจ่ายรายหัว (Capitation) สำหรับกรณีผู้ป่วยนอก ร่วมกับ ระบบการวินิจฉัยโรคร่วม (Diagnosis Related Groups: DRGs) สำหรับกรณีผู้ป่วยในและโรคที่มีต้นทุนการรักษาสูงเป็นหลัก ขณะที่สวัสดิการรักษาพยาบาลของข้าราชการจะมีการจ่ายในลักษณะจ่ายตามบริการจริงโดยกำหนดเงื่อนไข (Fee Schedule) ร่วมกับระบบการวินิจฉัยโรคร่วมเป็นหลัก โดยแต่ละกองทุนจะยังมีการกำหนดวิธีการจ่ายด้วยวิธีอื่นสำหรับบางรายการเฉพาะ เช่น ค่าบริการกรณีฝากครรภ์คลอดบุตร ค่าวัคซีนและการตรวจโรคกรณีพิเศษ
โดยในภาพรวมนั้น ปัญหาหลักที่พบจากกองทุน จะเกิดจากการที่ระบบบริการได้รับงบที่ไม่เพียงพอ กระแสเงินสดที่ไม่คล่องตัว การบริหารงบประมาณ และกลไกการจ่ายเงินที่หลากหลายนำมาสู่ความเหลื่อมล้ำระหว่างกองทุน
เพราะฉะนั้น แม้ว่าทั้ง 3 กองทุนจะมีกติกาและกลไกการจ่ายเงินที่แตกต่างกัน แต่ก็ต้องมีการพัฒนาเพื่อสร้างระบบหลักประกันสุขภาพให้พร้อมสำหรับคุ้มครองประชาชน ได้อย่างมีคุณภาพและเป็นมาตรฐาน โดยมีประเด็นหลักๆที่ต้องให้ความสำคัญ อย่างด้านความเหมาะสมของงบค่าใช้จ่ายด้านสุขภาพของประเทศ กระบวนการบริหารการเงิน กระบวนการจัดสรรและจ่ายเงิน และการดำเนินการในระยะยาว